GTx - Genome Assembly
O “Serviço de Montagem e Anotação de Genoma” da DNA GTx Bioinformatics “Genome Assembly and Annotation Service” é um serviço de bioinformática de ponta projetado para auxiliar pesquisadores, geneticistas e biólogos na análise e compreensão da complexa estrutura e função dos genomas. Este serviço combina algoritmos computacionais e experiência avançados para montar e anotar genomas, fornecendo informações valiosas sobre composição genética, identificação de genes, elementos regulatórios e outros elementos funcionais.
APLICAÇÕES
Genômica comparativa e estudos evolutivos.
Identificação e caracterização de novos genes e elementos funcionais.
Investigação de variações genéticas e mutações causadoras de doenças.
Desenvolvimento de recursos genéticos para melhoramento de culturas e pecuária.
Genômica Microbiana.
Genômica Ambiental.
CARACTERÍSTICAS PRINCIPAIS
Montagem do genoma: A DNA GTx Bioinformatics emprega algoritmos e metodologias de ponta para reconstruir a sequência completa do genoma a partir de dados brutos de sequenciamento. Utilizamos várias tecnologias de sequenciamento,incluindo sequenciamento de segunda geração (NGS) e sequenciamento de terceira geração (sequenciamento de longos reads), ambos de todas as plataformas existentes, para obter montagens de genoma de alta qualidade. Este processo envolve a correção de erros,alinhamento de reads, a montagem de contig e a criação de scaffolds para gerar sequências genômicas precisas e contíguas.
Pré-processamento de dados: Antes da montagem, o serviço realiza o controle de qualidade nos dados brutos de sequenciamento. Isto inclui etapas como cortar reads de baixa qualidade, remover artefatos de sequenciamento e filtrar quaisquer contaminantes em potencial. Isso garante que apenas dados confiáveis sejam usados no processo de montagem.
Montagem de Novo: O serviço oferece montagem de novo, aplicável quando não há genoma referência disponível. Ele reconstrói o genoma apenas com base nas leituras de sequenciamento, fornecendo insights valiosos sobre novos genomas ou organismos com informações genômicas limitadas.
Re-sequenciamento ou Montagem Guiada por Referência: quando um genoma de referência está disponível, o serviço emprega técnicas baseadas em alinhamento para mapear e montar os reads de sequenciamento em relação à referência. Esta abordagem ajuda no alinhamento preciso de reads e na resolução de variações genômicas complexas, como variantes estruturais ou variações no número de cópias.
Anotação Estrutural: A DNA GTx Bioinformatics fornece serviços abrangentes de anotação estrutural, que envolvem aidentificação e rotulagem de várias características genômicas, como genes codificadores de proteínas, RNAs não codificantes, elementos repetidos, elementos transponíveise variantes estruturais. Os especialistas da DNA GTx Bioinformatics usam uma combinação de algoritmos de previsão ab initio,métodos baseados em homologia e dados transcriptômicos para garantir anotação precisa e completa de elementos estruturais.
Anotação Funcional: Nosso serviço inclui anotação funcional para atribuir significado biológico aos elementos do genoma identificados durante a anotação estrutural. Utilizamos vários bancos de dados para anotar as funções dos genes, domínios de proteínas, vias metabólicas e elementos reguladores. Essas informações auxiliam no entendimento de processos biológicos, funções moleculares e componentes celulares associados aos genes anotados.
Avaliação de Qualidade: O serviço incorpora medidas rigorosas de controle de qualidade em todo o processo de montagem e anotação. Várias métricas, como contiguidade, cobertura, integridade e precisão, são avaliadas para garantir resultados confiáveis e de alta qualidade.
Genômica Comparativa: Oferecemos análise de genômica comparativa para identificar regiões conservadas, famílias de genes e relações evolutivas entre genomas. Ao comparar o genoma recém-montado com o genoma referência existente ou espécies relacionadas, podemos detectar sintenia, duplicações de genes, perdas de genes e outros eventos evolutivos. Essa análise fornece informações valiosas sobre a história evolutiva e a variação genética dentro e entre as espécies.
Customização e Integração: O serviço pode ser customizado para atender necessidades específicas. Ele permite que os pesquisadores incorporem dados adicionais, como dados transcriptômicos ou epigenômicos, para aumentar a precisão e a relevância biológica da montagem e resultados de anotação. Além disso, o serviço garante compatibilidade com várias ferramentas de análise downstream e fluxos de trabalho.
Visualização e Interpretação de Dados: Nosso serviço inclui ferramentas intuitivas de visualização de dados para apresentar o genoma anotado de forma clara e compreensível. Geramos representações visuais, como navegadores de genoma e plotes interativos, para facilitar a exploração e interpretação de dados genômicos. Nossos especialistas também fornecem relatórios e sumários detalhados, destacando as principais descobertas e implicações do processo de montagem e anotação do genoma.
BENEFÍCIOS
Informações genômicas precisas e completas: Nosso serviço garante montagens de genoma de alta qualidade e precisa anotação de elementos genômicos, permitindo aos pesquisadores acessarem informações genéticas precisas e abrangentes.
Economia de Tempo e de Custos: A terceirização da montagem e anotação do genoma para o nosso serviço elimina a necessidade de uma cara infraestrutura computacional e de um extenso expertise em bioinformática. Isso economiza um tempo valioso e recursos para instituições de pesquisa e/ou empresas, permitindo-lhes focar em seus objetivos centrais.
Expertise e Experiência: A equipe de bioinformática da DNA GTx é composta por especialistas em bioinformática com amplo conhecimento e experiência em montagem e anotação genômica. Eles se mantêm atualizados com os algoritmos e metodologias mais recentes, garantindo a aplicação das melhores práticas da área .
Confidencialidade e Segurança de Dados: Priorizamos a confidencialidade e segurança dos dados, aderindo a protocolos rigorosos para proteger dados genômicos sensíveis. Todas as transferências e armazenamento de dados são conduzidos utilizando protocolos seguros e sistemas criptografados.
GTx - Genome Assembly
O “Serviço de Montagem e Anotação de Genoma” da DNA GTx Bioinformatics “Genome Assembly and Annotation Service” é um serviço de bioinformática de ponta projetado para auxiliar pesquisadores, geneticistas e biólogos na análise e compreensão da complexa estrutura e função dos genomas. Este serviço combina algoritmos computacionais e experiência avançados para montar e anotar genomas, fornecendo informações valiosas sobre composição genética, identificação de genes, elementos regulatórios e outros elementos funcionais.
APLICAÇÕES
Genômica comparativa e estudos evolutivos.
Identificação e caracterização de novos genes e elementos funcionais.
Investigação de variações genéticas e mutações causadoras de doenças.
Desenvolvimento de recursos genéticos para melhoramento de culturas e pecuária.
Genômica Microbiana.
Genômica Ambiental.
Montagem do genoma: A DNA GTx Bioinformatics emprega algoritmos e metodologias de ponta para reconstruir a sequência completa do genoma a partir de dados brutos de sequenciamento. Utilizamos várias tecnologias de sequenciamento,incluindo sequenciamento de segunda geração (NGS) e sequenciamento de terceira geração (sequenciamento de longos reads), ambos de todas as plataformas existentes, para obter montagens de genoma de alta qualidade. Este processo envolve a correção de erros,alinhamento de reads, a montagem de contig e a criação de scaffolds para gerar sequências genômicas precisas e contíguas.
Pré-processamento de dados: Antes da montagem, o serviço realiza o controle de qualidade nos dados brutos de sequenciamento. Isto inclui etapas como cortar reads de baixa qualidade, remover artefatos de sequenciamento e filtrar quaisquer contaminantes em potencial. Isso garante que apenas dados confiáveis sejam usados no processo de montagem.
Montagem de Novo: O serviço oferece montagem de novo, aplicável quando não há genoma referência disponível. Ele reconstrói o genoma apenas com base nas leituras de sequenciamento, fornecendo insights valiosos sobre novos genomas ou organismos com informações genômicas limitadas.
Re-sequenciamento ou Montagem Guiada por Referência: quando um genoma de referência está disponível, o serviço emprega técnicas baseadas em alinhamento para mapear e montar os reads de sequenciamento em relação à referência. Esta abordagem ajuda no alinhamento preciso de reads e na resolução de variações genômicas complexas, como variantes estruturais ou variações no número de cópias.
Anotação Estrutural: A DNA GTx Bioinformatics fornece serviços abrangentes de anotação estrutural, que envolvem aidentificação e rotulagem de várias características genômicas, como genes codificadores de proteínas, RNAs não codificantes, elementos repetidos, elementos transponíveise variantes estruturais. Os especialistas da DNA GTx Bioinformatics usam uma combinação de algoritmos de previsão ab initio,métodos baseados em homologia e dados transcriptômicos para garantir anotação precisa e completa de elementos estruturais.
Anotação Funcional: Nosso serviço inclui anotação funcional para atribuir significado biológico aos elementos do genoma identificados durante a anotação estrutural. Utilizamos vários bancos de dados para anotar as funções dos genes, domínios de proteínas, vias metabólicas e elementos reguladores. Essas informações auxiliam no entendimento de processos biológicos, funções moleculares e componentes celulares associados aos genes anotados.
Avaliação de Qualidade: O serviço incorpora medidas rigorosas de controle de qualidade em todo o processo de montagem e anotação. Várias métricas, como contiguidade, cobertura, integridade e precisão, são avaliadas para garantir resultados confiáveis e de alta qualidade.
Genômica Comparativa: Oferecemos análise de genômica comparativa para identificar regiões conservadas, famílias de genes e relações evolutivas entre genomas. Ao comparar o genoma recém-montado com o genoma referência existente ou espécies relacionadas, podemos detectar sintenia, duplicações de genes, perdas de genes e outros eventos evolutivos. Essa análise fornece informações valiosas sobre a história evolutiva e a variação genética dentro e entre as espécies.
Customização e Integração: O serviço pode ser customizado para atender necessidades específicas. Ele permite que os pesquisadores incorporem dados adicionais, como dados transcriptômicos ou epigenômicos, para aumentar a precisão e a relevância biológica da montagem e resultados de anotação. Além disso, o serviço garante compatibilidade com várias ferramentas de análise downstream e fluxos de trabalho.
Visualização e Interpretação de Dados: Nosso serviço inclui ferramentas intuitivas de visualização de dados para apresentar o genoma anotado de forma clara e compreensível. Geramos representações visuais, como navegadores de genoma e plotes interativos, para facilitar a exploração e interpretação de dados genômicos. Nossos especialistas também fornecem relatórios e sumários detalhados, destacando as principais descobertas e implicações do processo de montagem e anotação do genoma.
Informações genômicas precisas e completas: Nosso serviço garante montagens de genoma de alta qualidade e precisa anotação de elementos genômicos, permitindo aos pesquisadores acessarem informações genéticas precisas e abrangentes.
Economia de Tempo e de Custos: A terceirização da montagem e anotação do genoma para o nosso serviço elimina a necessidade de uma cara infraestrutura computacional e de um extenso expertise em bioinformática. Isso economiza um tempo valioso e recursos para instituições de pesquisa e/ou empresas, permitindo-lhes focar em seus objetivos centrais.
Expertise e Experiência: A equipe de bioinformática da DNA GTx é composta por especialistas em bioinformática com amplo conhecimento e experiência em montagem e anotação genômica. Eles se mantêm atualizados com os algoritmos e metodologias mais recentes, garantindo a aplicação das melhores práticas da área .
Confidencialidade e Segurança de Dados: Priorizamos a confidencialidade e segurança dos dados, aderindo a protocolos rigorosos para proteger dados genômicos sensíveis. Todas as transferências e armazenamento de dados são conduzidos utilizando protocolos seguros e sistemas criptografados.